La Universidad del Valle sede Cartago inició labores en Cartago en la modalidad a  distancia con el apoyo del Sena, quien proporcionó la infraestructura física necesaria entre los años 1984 y 1985. En 1986, por iniciativa de un grupo de ilustres cartagüeños con gran espíritu altruista quienes consideraron que era necesario que la ciudad contara con mayores espacios para la formación académica de sus pobladores, fue constituida la sede como tal de la Universidad del Valle sede Cartago. Fue definitivo el apoyo que la Cámara de Comercio de Cartago brindó al inicio de las labores académicas, ya que albergó en uno de sus salones por más de un año a quienes en ese momento conformaban la Universidad del Valle sede Cartago en esa municipalidad.

Esta sede fue creada el día 5 de septiembre de 1986, en reunión efectuada en la Cámara de Comercio de Cartago y empezó a funcionar un año después.

Entre los años 1995 y 2000, se fortaleció el modelo de los programas presenciales. Se creó la Fundación Mixta Universidad del Valle. Se fortaleció el aparato administrativo financiero y se logró un reconocimiento de la sociedad cartagüeña sobre la importancia fundamental de la labor pedagógica de la Universidad del Valle-Sede Cartago, pues ha liderado la reconstrucción del tejido social y la formación empresarial del municipio.

En el año 2005 se obtiene el registro calificado para los programas activos del momento. Contaduría, Administración de Empresas, Tecnología en administración de empresas, Tecnología en Sistemas de información, Tecnología en Electrónica. En el 2006 la Gobernación del dpto. cede a la Universidad del Valle el terreno y la edificación donde viene funcionando. En el 2008 se abre un nuevo programa, Trabajo Social.